本校綜合高中自91學年度開始招生，從五班八個學程增加到六班十個學程，到96學年度增加為七班十一個學程，傳承郭乃文校長所建構的前額葉學校，以訓練一個人大腦中的「CEO」來統整個體的特質和最大潛能，以求取生命的最大意義與表現為主軸。97學年度由官茂良校長接棒，更是秉持謙虛的態度，在面臨少子化衝擊、高職免學費的刺激下，持續以優質的品質來辦理本校綜合高中。然而，教育政策並不明朗，外界對綜合高中的質疑並未消弭，造成綜合高中在臺南區處於弱勢，要和高中、高職競爭有相當的難度，導致100學年度本校綜合高中減少一班，考驗我們重新評估市場需求的能力，故本校分別在100及101學年度在綜合高中辦理優質的學程基礎下，分別設立多媒體設計科和餐飲管理科以符合臺南區年輕學子的需求。因增設多媒體設計科，在101學年度將原本的多媒體設計學程改為室內設計學程，增廣設計學程學生專業領域及就業路徑；因少子化嚴重以及學生學習意向的改變，103學年度由11個學程調降為9個學程，刪除幼兒保育學程和商業服務學程。目前綜合高中為五班9個學程，我們仍然傳承本校綜合高中創立的精神，將以特色課程、試探輔導、多元學習等面向，提供學生在生涯路上一個亮麗揮灑的空間。

    目前綜合高中的學程有六個學群含十一個學程：

學術學群：學術自然學程、學術社會學程

餐旅群：觀光餐飲學程

商管群：商業服務學程(103學年度刪除此學程)、
        電子商務學程(100學年度將資訊應用學程刪除改為此的新增學程)

設計群：商業設計學程、
        室內設計學程(101學年度將多媒體製作學程刪除改為此的新增學程)

外語群：應用英語學程

家政群：幼兒保育學程(103學年度刪除此學程)、
        銀髮族活動管理學程、
        時尚設計學程